創業時に消費税の課税事業者を選択すべきケースとは?免税事業者のままで良い場合も解説

2026.10.14

創業という新たな一歩を踏み出す皆さんにとって、事業計画や資金繰り、日々の業務など、考えるべきことは山積していることでしょう。その中でも、「消費税」について、いつ、どのように考えれば良いのか、迷う方も少なくありません。

私自身、これまで多くの創業希望者の方々と向き合ってきましたが、「消費税って、うちは払わなくていいんですよね?」と漠然と考えていらっしゃる方がいる一方で、「最初から課税事業者になった方が得なんでしょうか?」と深く悩む方もいらっしゃいます。

消費税は一見複雑に思えますが、実はご自身の事業内容や計画によって、取るべき最適な選択が変わってきます。この違いを理解しないまま進めてしまうと、本来受けられたはずのメリットを逃してしまったり、後々手間が増えてしまったりすることも。

そこで今回は、創業支援の専門家である私自身が、創業時に消費税の「課税事業者」を選択すべきケースと、原則である「免税事業者」のままで良いケースについて、分かりやすく解説していきます。コストと手間を最小化しながら、最初の一歩を安心して踏み出すための一助となれば幸いです。

目次

消費税の基本を理解しよう

まずはじめに、消費税とは何か、簡単におさらいしておきましょう。消費税とは、私たちが商品やサービスを購入する際に、その代金に上乗せして支払う税金のことです。事業者にとっては、お客様から預かった消費税と、仕入れや経費として支払った消費税との差額を国に納める義務が生じます。

ただし、全ての事業者に納税義務があるわけではありません。消費税が課される取引は、大きく分けて以下の4つの要件を満たすものに限られます(消費税法第4条)。

  • 国内において行うものであること
  • 事業者が事業として行うものであること
  • 対価を得て行うものであること
  • 資産の譲渡・貸付け、役務の提供であること

例えば、会社設立のための登記手数料や役員の給与などは消費税の課税対象ではありません。皆さんの事業でどのような取引が課税対象になるのか、基本的な理解をしておくことが大切です。

創業期の消費税は「原則免税」がスタートライン

創業期の皆さんにとって、消費税の納税義務があるかないかは非常に重要なポイントです。

国税庁の定める消費税法では、原則として、個人の場合はその年の前々年、法人の場合はその事業年度の前々事業年度(これを「基準期間」と呼びます)の課税売上高が1,000万円以下であれば、消費税の納税義務が免除されます。これを「免税事業者」と呼びます(消費税法第9条第1項)。

さらに、法人の場合は、その事業年度の開始の日から6か月間(特定期間)の課税売上高が1,000万円を超えた場合でも、免税事業者にはなれません。個人事業主の場合も、前年の1月1日から6月30日までの特定期間の課税売上高が1,000万円を超える場合は、その年の消費税の納税義務が発生します。

しかし、創業したばかりの個人事業主や設立したばかりの法人には、前々年や前々事業年度といった「基準期間」が存在しません。また、法人の設立初年度と2年目については、「特定期間」の課税売上高も存在しないため、原則として、開業(設立)した年とその翌年(または翌々事業年度)は消費税の納税義務が免除される「免税事業者」となります。これは、創業期の皆さんにとって、資金繰りの面で大きなメリットとなります。

ただし、個人事業主から法人に移行する場合、法人設立時に「特定期間における課税売上高による納税義務の免除の特例」が適用される可能性があります。これは、個人事業主時代の売上を考慮するもので、詳細は専門家にご相談いただくことをお勧めします。

【結論】創業時に課税事業者を選択すべきケースとは?

「原則免税」という大きなメリットがある創業期ですが、あえて「課税事業者」を選択した方が事業にとって有利になるケースがいくつか存在します。結論から申し上げますと、主に以下の3つのケースに該当する場合は、課税事業者となることを検討すべきでしょう。

  1. 多額の設備投資を計画している場合
  2. 輸出取引をメインにする場合
  3. 課税売上が早期に1,000万円を超えると見込まれる場合

それぞれ詳しく見ていきましょう。

ケース1:多額の設備投資を計画している場合

事業を始めるにあたり、高額な機械設備を導入したり、店舗の内装工事に多額の費用をかけたりする計画はありませんか? こうした「多額の課税仕入れ」(仕入れや経費にかかる消費税)が発生する予定がある場合は、課税事業者を選択することで「消費税の還付」を受けられる可能性があります。

消費税の還付とは、課税売上にかかる消費税よりも、課税仕入れにかかる消費税の方が大きい場合に、その差額が国から還付される制度のことです。例えば、1,000万円の機械を導入すれば、100万円の消費税(税率10%の場合)を支払うことになります。この100万円が還付されれば、資金繰りにも大きく貢献するでしょう。

ただし、還付を受けるためには、適格請求書発行事業者(インボイス発行事業者)として登録している必要があります。インボイス制度についても、今後の事業展開を考慮して検討することをお勧めします。

設備投資に関する考え方は、こちらの記事もご参考になるかと思います。【創業融資】設備資金と運転資金の賢い使い分け方|専門家が語る資金調達の最適化

また、設備導入に際して補助金活用を検討されている方もいらっしゃるでしょう。【急な設備導入計画とものづくり補助金:専門家が語る申請前に確認すべき重要ポイント】にもあるように、補助金は交付決定前の発注が原則禁止ですが、消費税の還付は、設備購入のタイミングで発生する消費税を対象とするため、補助金のスケジュールとは別に検討が必要です。

ケース2:輸出取引をメインにする場合

皆さんの事業が、海外への輸出取引をメインとするビジネスモデルであれば、課税事業者の選択を強くお勧めします。

消費税法では、輸出取引は「輸出免税」の対象となり、売上に対する消費税は課されません(消費税法第7条)。一方で、日本国内で行った仕入れや経費にかかった消費税は、引き続き支払うことになります。この場合、売上に対する消費税額はゼロであるため、支払った消費税額がそのまま還付される可能性が高くなります。

海外と取引がある場合は、消費税還付の恩恵を最大限に受けるためにも、課税事業者となることを積極的に検討してください(国税庁「No.6531 輸出取引の免税」)。

ケース3:課税売上が早期に1,000万円を超えると見込まれる場合

創業当初は免税事業者であっても、事業が順調に拡大し、早期に年間課税売上高が1,000万円を超える見込みがある場合は、最初から課税事業者を選択することも一つの戦略です。

もし、将来的に課税事業者となることが確実視されるのであれば、免税事業者でいる期間が短くなり、その間に発生した課税仕入れに係る消費税の還付を受ける機会を失ってしまう可能性があります。

事業計画を綿密に立て、売上予測がかなり正確にできるのであれば、2年目以降に課税売上が1,000万円を超えることが見込まれる場合でも、初年度から課税事業者を選択して還付を受けることを検討する価値は十分にあります。

売上予測や事業計画の立て方については、こちらの記事もご参考になさってください。創業初期に失敗しやすい事業計画の落とし穴と改善ポイント【専門家が伴走】

課税事業者を選択するメリットとデメリット

ここまで、課税事業者を選択すべきケースについて見てきましたが、ここで改めて、課税事業者となることのメリットとデメリットを整理しておきましょう。

メリット:消費税の還付を受けられる可能性がある

最大のメリットは、先ほども触れたように、課税売上にかかる消費税額よりも課税仕入れ等にかかる消費税額が上回る場合に、その差額が還付される点です。特に創業期は、設備投資や仕入れなどで先行投資が多くなる傾向がありますので、還付金は事業の貴重な運転資金となり得ます。

デメリット:事務負担と納税義務が生じる

一方で、デメリットも存在します。課税事業者となることで、消費税に関する様々な事務作業が発生します。

  • 複雑な記帳作業:消費税額を正確に計算するために、課税取引と非課税取引、不課税取引などを区別した帳簿の作成が必要になります。
  • 消費税の申告・納税:年に一度(または事業者によっては中間申告も)、消費税の申告書を作成し、納税する義務が生じます。
  • インボイス制度への対応:適格請求書発行事業者として登録した場合は、適格請求書の発行や保管といった対応も必要になります。

これらの事務負担は、創業期の限られたリソースの中で、決して小さなものではありません。また、事業が軌道に乗り、課税売上が課税仕入れを上回るようになれば、当然ながら消費税の納税義務が発生します。この納税額も考慮に入れた資金計画を立てる必要があります。

会計ソフトを導入することで、これらの事務負担を軽減することは可能です。会計ソフト選びについては、こちらの記事も参考にしてみてください。創業時の会計ソフト選びと初期設定の注意点|コストを抑えてスムーズな経理の第一歩

実は、この事務負担の増加や納税義務の発生を見落としがちで、「あの時、課税事業者を選択しなければよかった…」と後悔される方もいらっしゃるんです。安易に選択するのではなく、メリットとデメリットを慎重に比較検討することが重要です。

課税事業者選択届出書の提出と撤回

創業時に課税事業者を選択する場合、税務署へ「消費税課税事業者選択届出書」を提出する必要があります(消費税法第9条第4項)。

提出期限に注意!

この届出書は、課税事業者になろうとする課税期間の初日の前日までに提出する必要があります。ただし、新規開業の場合は、事業を開始した課税期間の末日までに提出すれば、その課税期間から課税事業者となることができます。

例えば、個人事業主で1月1日に開業した場合、その年の12月31日までに提出すれば、その年から課税事業者となります。法人で4月1日に設立した場合、その事業年度の末日(例えば3月31日)までに提出すれば、その事業年度から課税事業者となります。

提出が遅れてしまうと、その課税期間は免税事業者のままとなり、還付の機会を逃してしまうことになりますので、計画的に提出することが肝心です(国税庁「No.6505 免税事業者からの課税事業者の選択」)。

撤回は原則2年間できない

一度「消費税課税事業者選択届出書」を提出して課税事業者を選択すると、原則として2年間は免税事業者に戻ることができません(消費税法第9条第5項)。

これは、短期間での課税事業者の選択と撤回を繰り返すことで、消費税の還付制度が悪用されることを防ぐためのルールです。事業計画と照らし合わせ、少なくとも2年間は課税事業者であることのメリットがデメリットを上回るかどうか、慎重に判断することが求められます。

私自身も、お客様が深く考えずに届出を出してしまい、翌年以降、還付が見込めなくなった途端に「免税に戻したい」とおっしゃった際に、このルールを説明して残念な思いをさせてしまった経験があります。提出前に、専門家とともにメリットとデメリットをじっくりと検討することをお勧めします。

個人事業主と法人の違い、どちらでも選択可能

消費税の課税事業者を選択するかどうかは、個人事業主でも法人でも同様に検討するべきテーマです。

もちろん、個人事業主と法人では、会計処理や税務申告、社会的な信用、資金調達のしやすさなど、消費税以外にも様々な違いがあります。どちらの形態を選ぶかは、皆さんの事業の規模や将来的なビジョンによって最適な選択が変わってきます。

個人事業主と法人の違いについては、こちらの記事で詳しく解説していますので、併せてご参照ください。創業時、個人事業と株式会社どちらを選ぶ?専門家が多角的に比較解説

よくある質問(Q&A)

ここでは、創業時の消費税に関してよくいただくご質問とその回答をまとめました。

Q1: 免税事業者のままでいると何か困ることはありますか?

A1: 免税事業者であること自体が直ちに困るということはありません。しかし、適格請求書発行事業者(インボイス発行事業者)として登録できないため、お客様が課税事業者である場合、お客様側で仕入れ税額控除が受けられないという影響が生じることがあります。そのため、取引先との関係性によっては、免税事業者のままでいることが取引継続の妨げとなる可能性もゼロではありません。ご自身の主要な取引先の状況も踏まえて検討すると良いでしょう。

Q2: 課税事業者を選択した場合、会計処理は難しくなりますか?

A2: はい、免税事業者と比較すると、消費税に関する会計処理はより複雑になります。具体的には、売上や仕入れにかかる消費税額を正確に集計し、消費税の申告書を作成する必要があります。しかし、最近はクラウド会計ソフトの機能が充実しており、日々の取引を正しく入力していけば、ある程度自動で集計・計算を行ってくれます。専門家のアドバイスも受けながら、会計ソフトを有効活用することで、事務負担を最小限に抑えることは可能です。

Q3: 課税事業者選択届出書はどこで手に入りますか?

A3: 「消費税課税事業者選択届出書」は、国税庁のウェブサイトからダウンロードできます。また、所轄の税務署でも入手可能です。記入方法が分からない場合は、税務署の窓口で相談したり、税理士などの専門家に依頼したりすることもできます。

まとめ

創業時に消費税の課税事業者を選択すべきかどうかは、皆さんの事業内容や今後の計画によって大きく判断が分かれる重要なテーマです。原則として免税事業者となる初年度・2年目のメリットを享受しつつ、多額の設備投資や輸出取引、早期の売上増加が見込まれる場合は、積極的に課税事業者の選択を検討することで、消費税の還付という大きな恩恵を受けられる可能性があります。

しかし、一度選択すると原則2年間は撤回できないことや、事務負担が増えるといったデメリットも存在します。ご自身の事業計画をしっかりと見据え、メリットとデメリットを慎重に比較検討し、最適な選択をすることが、安定した事業運営への第一歩となるでしょう。

株式会社リーガルシンクでは、創業融資や物件選定、許認可手続きなどについて、必要に応じて専門家と連携しながら総合的なサポートを提供しています。

無料相談も受け付けていますので、まずはお気軽にお問い合わせください。

本記事の内容は一般的な情報提供を目的とするものであり、個別の事案については必ず専門家にご相談ください。

この記事を書いた人

松原元

松原 元(まつばら つかさ)

『リーガルシンク社労士•行政書士事務所』にて『総務の助っ人』として中小企業の許認可取得や労務管理をサポート。(株)リーガルシンクでは店舗不動産等の仲介から創業融資などの資金調達支援や補助金・助成金活用まで幅広く経営全般のサポートを提供。

社会保険労務士 行政書士

公認不動産コンサルティングマスター 宅地建物取引士

2級ファイナンシャル・プランニング技能士

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